סריקת טקסט מנוקד ופענוחו כקובץ טקסט הינה משימה קשה מאוד, משום שהניקוד העוטף את האותיות מכל הכיוונים מפריע למערכת הזיהוי האופטי ל"הגיע" ולפענח את האותיות.
חברת ליגטורה פיתחה רכיב המעלים את הניקוד ואת טעמי המקרא ומאפשר למערכת לזהות את האותיות. הרכיב, הנקרא על ידי המפתחים "שואב אבק" , יודע להבדיל בין ניקוד וטעמים לבין סתם "צ'ופצ'יקים של אותיות כגון באות ד', ת' ה' וכדומה.
תהליך הניקוי מורכב ומסובך היות מפני ושבשלב זה תוכנת ליגטורה עדיין אינה "יודעת" על איזו אות מדובר וישנה סכנה בהורדת חלק מגוף האות. ניקוי האות מסובך אף יותר כשמדובר בניקוד ה"דבוק" לאות. במקרים אלו יש צורך במשנה זהירות שלא למחוק חלקים מהאות.
.
